MOL4D分子图形系列软件 Ribbons

MOL4DP介绍

 这是一个为研究蛋白质而设计的分子图形软件MOL4D，基本型MOL4D也能用它提供的模型来显示蛋白质的原子级的结构，但不能提取它们的主链及高级结构，因而也无法显示它们。MOL4DP是专门为研究蛋白质而设计的分子图形软件，它在MOL4D的基础之上，再加以下功能：

  1. 为适应蛋白质分子的需要，最大可显示包含6000个原子的分子（1995年，在IBM-386机器上，仅4M内存，使用TVGA8900显卡）；

  2. 能够从仅含几何参数(原子坐标)的分子数据文件中，提取出蛋白质的高级结构，包括蛋白质的主链（肽链），提取氨基酸序列，提取主链中的Alpha螺旋（如果有），等。

  3. 为这些高级结构产生初步的显示模型。

  4. 将这些高级结构用适当的数据结构表示，将它们输出为各种文件，让MOL4D系列中的蛋白质专用造型软件(Ribbons.exe，见下)为它们进行高级的造型。

  5. 支持ENT和PDB格式的数据文件，从其中读取ATOM数据、主链、ALPHA螺旋、Beta折叠等，并调用RIBBONS软件显示主链的各种带状结构，和蛋白质的各种高级结构，或直接显示蛋白质的详细到原子级的各种分子模型。

蛋白质高级造型

图1 先要利用MOL4D（P增强型）提取各种蛋白质分子主链（黄色），以供RIBBONS 造型使用， RIBBONS 本身不接触复杂的蛋白质分子文件。

图2 进入RIBBONS软件先 利用 Load命令选择一个主链文件并作大小、角度的调整，再用Model产生下面所有图形。

图3 利用RIBBONs，根据主链可画出扁平折叠式带状模型

图4 用RIBBON画出双面填充颜色的折叠式带状模型

图5 用RIBBON画出双面填充颜色的折叠式带状模型

图6 用RIBBON画出光滑的扁带状模型


图7 用RIBBON画出光滑的圆带模型

图8 用RIBBON画出光滑的丝带状模型

图9 用RIBBON画出光滑的带状模型，此带应加厚度会更好。

图10 用RIBBON画出卡通模型，将alpha螺旋用一圆柱体表示，即所谓的carton图

图11 用RIBBONs 画出carton图，再把相互间的折线形连线 光滑成曲线

图12 用RIBBON画出彩色卡通模型

图13 体视对（适宜于打印输出）

图14 原有封面

注：上述图形都是在下的程序匆促完成并记录成图片，现在看来还可做的更精细些，例如抗锯齿，为各种扁平带子加点厚度，卡通图端点连接…，这些问题在移植到windows后需要加以考虑。下面这个图是在Win7下利用DOSBOX直接运行DOS软件RIBBONS得到，但接下来的上述其他图形要使用1024*768,256色的图形模式，在DOSBOX下无法产生：

说明：在win7下利用DOSBOX可直接运行DOS的RIBBONS软件。RIBBONS先利用Load命令在640_480标准VGA图形模式打开一幅分子图形，调整图像大小和角度，这些工作完全正常。然后在选择一种Model 进入VESA标准的1024_768高分辨率造型时产生错误。这就是说，DOSBOX仅支持标准VGA，不支持VESA标准的1024*768模式，否则就可以利用它在win7下来产生前面所有图形。